段祺瑞可以说是北洋三杰中最大的实权派。袁世凯生前和段祺瑞多有不合，却又不得不用他。
袁世凯临死前托孤寄命的一共有4个人，段祺瑞，王士珍，张振芳，徐世昌，还有“太子”袁克定。袁临死前口中只说出约法两个字，约法有新有旧。旧约法规定，总统不能履行职权时，应由副总统继任。袁世凯自己弄的新约法规定，关于总统的继任者应由现任总统提名三个人，写在名单上藏之金匮石屋，待总统死后取出来，在三位候选人中，决出一人继任总统，袁世凯写下的三个人的名字是黎元洪，徐世昌和段祺瑞。据说段祺瑞这个名字原来写的是袁克定，但是袁临死前眼看大势已去，众叛亲离，知道自己死后，众人不可能拥立他的儿子，所以瞒着袁克定偷偷改成了段祺瑞。
这是袁世凯去世以后几位大佬推举总统时候，徐世昌说的原话：
袁大总统逝世，举国悲痛，然国不可一日无主，否则国家就会大乱。世昌与故总统相交数十年，素来无意名位，得相城缪爱，忝列金匮名单之中，实在惶恐。世昌在此向诸位声明，世昌无心总统大位。依我之愚见，黎副总统继任大总统之位是再合适不过了。
相反，如果力捧段祺瑞做总统，就可能引起北洋内部其他势力，尤其是冯国璋的反对，这搞不好就会导致北洋内斗，引发内战。徐世昌为了北洋整体利益，故而推荐比较弱势的黎元洪出来当这个傀儡。
当时护国军和北洋军还在对立，护国军方面坚持根据旧约法由副总统黎元洪继任。而根据新的约法，黎的名字也写在第1位。段祺瑞虽是北洋正统，大权独揽，却也难在法理上找到说辞。
在实际情况来看，袁世凯死后，他培植的北洋军阀也面临分裂的危险。这个时候如果段出来当总统，实际上对维护北洋派的团结也是不利的，容易引起内斗。而黎元洪性格软弱，人称黎菩萨，以副总统的名义被袁世凯软禁在北京，没有实权。如果黎元洪做了总统，因为其没有北洋背景，北洋军人便会马上视其为异己，对黎有所防备。因为他是外人，他当了总统反而有利于北洋的团结。所以拥护黎元洪当总统，对段祺瑞来说，也是把北洋派笼络在自己周围的一种手段。拥护黎元洪来做总统，护国军也会同意，也避免了北洋派成为众矢之的，同时黎虽然声望比较高，却没有任何实权，方便作为傀儡操控。
虽是如此，但段祺瑞心里也是非常不甘。他从清末官爵比黎元洪就高很多，从心里比较鄙视黎。这在一件小事中可以看得出来：顾命大臣们商议定了由黎来接任总统之后，段祺瑞叫张国淦一起去拜访黎元洪。进入客厅后，段祺瑞向黎三鞠躬，黎欠身答礼后段便落座一直不开口，三人六目相对，呆坐了大半个小时以后，段才起身告辞，黎元洪一头雾水。这充分说明了，段不得不抬举黎当总统，但是内心又对此事反感无奈的复杂心情。
袁世凯采用的总统制，总统集大权于一身。而袁世凯死后，段祺瑞实际上采用的是责任内阁制，段祺瑞作为内阁总理，拥有实权。黎元洪就职之后，没有实际力量，对任何事情都没有决定权，只能是在定好的事情上签字盖章。
黎元洪和段祺瑞不合，也有其历史原因。黎元洪做湖北都督时，袁世凯几乎是以绑票的形式，把黎元洪从湖北押送到北京，从此以后被软禁在北京，做了政治俘虏，抓他过来的人他的人就是段祺瑞。袁死后，段祺瑞去见黎，又是一言不发，简直是对其羞辱。但一直认为是他自己抬举黎做总统，事实如果不是段祺瑞出面拥黎，北洋派的军人也不可能拥黎做大位。黎元洪接任总统后，段祺瑞也不把他放在眼里。
黎段一直不合，势同水火。所有段推举主张的事情，不管有没有道理，黎一般都会反对。最后推退冯国璋，就是不给段当总统。
